From gaou ＠ sfc.keio.ac.jp Fri Jun 1 14:41:27 2007 From: gaou ＠ sfc.keio.ac.jp (Kazuharu Arakawa) Date: Fri, 1 Jun 2007 14:41:27 +0900 Subject: [Glang-users] =?iso-2022-jp?b?MS42LjYbJEIlaiVqITwlORsoQg==?= Message-ID: <26B87560-5E9F-422C-9E09-6F10CA98E48E@sfc.keio.ac.jp> g. v.1.6.6リリースしました。 主な変更はG-language シェルの以下の二つのコマンド（pubmed, entrez） の追加です。シェル内部でpubmedやentrez検索ができます。 G > pubmed arakawa k[au] keio[ad] g-language 2 entries found in PUBMED: (Showing up to 10 hits) 1. PMID: 16789913 Arakawa K et al. "GPAC: benchmarking the sensitivity of genome informatics analysis to genome annotation completeness." In Silico Biol 2006;6(1-2):49-60 2. PMID: 12538262 Arakawa K et al. "G-language Genome Analysis Environment: a workbench for nucleotide sequence data mining." Bioinformatics 2003 Jan 22;19(2):305-6 G >entrez genome carsonella rudii PV 2 entries found in GENOME: (Showing up to 10 hits) 1. Accession Number: NC_008512 Candidatus Carsonella ruddii PV, complete genome 2. Accession Number: NC_002952 Staphylococcus aureus subsp. aureus MRSA252, complete genome G >$gb = new G("NC_008512"); Retrieving sequence from REFSEQ... Accession Number: NC_008512 Length of Sequence : 159662 A Content : 66734 (41.80%) T Content : 66481 (41.64%) G Content : 12946 (8.11%) C Content : 13501 (8.46%) Others : 0 (0.00%) AT Content : 83.44% GC Content : 16.56% G > Kazuharu Arakawa, Ph.D. Institute for Advanced Biosciences, Keio University 252-8520 Japan Tel/Fax: +81-466-47-5099 From gaou ＠ sfc.keio.ac.jp Wed Jun 6 07:10:47 2007 From: gaou ＠ sfc.keio.ac.jp (Kazuharu Arakawa) Date: Wed, 6 Jun 2007 07:10:47 +0900 Subject: [Glang-users] =?iso-2022-jp?b?di4xLjYuNxskQiVqJWohPCU5GyhC?= Message-ID: g. 1.6.7リリースしました。 Change logは以下の通り。 1.6.7 2007.06.05 -added $gb->rRNA(), $gb->tRNA(), $gb->gene() or $gb->feature("rRNA"), $gb->feature("tRNA"), $gb->feature("gene") or $gb->feature("any feature type") which functions like $gb->cds() -added $gb->previous_feature(), $gb->next_feature() $gb->previous_cds(), $gb->next_cds() which returns the feature ID of the next or previous features or CDS. See help for details. -added manual for 35 "prelude" methods -removed G::G.pm Kazuharu Arakawa, Ph.D. Institute for Advanced Biosciences, Keio University 252-8520 Japan Tel/Fax: +81-466-47-5099 From gaou ＠ sfc.keio.ac.jp Wed Jun 6 23:11:45 2007 From: gaou ＠ sfc.keio.ac.jp (Kazuharu Arakawa) Date: Wed, 6 Jun 2007 23:11:45 +0900 Subject: [Glang-users] =?iso-2022-jp?b?di4xLjYuOBskQiVqJWohPCU5GyhC?= Message-ID: <4F648C9A-6EC0-4A42-8A27-D99C5B495BE2@sfc.keio.ac.jp> g. v.1.6.8リリースしました。 変更点は以下の通りです。G-language Shell周りの実装・最適化は だいたいこれで終了しました。 重要な変更として、 1. new G()の"without annotation"オプションと"long sequence" 　オプションを削除しました。あまり誰も使っていないし、 　1.6.4のキャッシュ機能で大幅にシステム自体が早くなったので 　不要だと判断しました。 2. EMBLパーサにいくつか深刻なバグがありました。 　multiple locusで、長いjoin行を持つEMBLファイルを扱って 　いた場合（若干特殊な場合ではありますが）、正しくファイルを 　読み込めていなかった可能性が高いです。以上の条件に当てはまる 　解析は大変申し訳ありませんが追試していただく必要があります。 1.6.8 2007.06.06 -clened up the codes of G-language Shell -logging features are moved to G::Shell::Log logging now works quite nicely -modified the loading message - '-h' option shows help message for G command -removed "without annotation" option for new G() -removed "long sequence" option for new G() -fixed a bug in EMBL parser (multiple-locus, join) Kazuharu Arakawa, Ph.D. Institute for Advanced Biosciences, Keio University 252-8520 Japan Tel/Fax: +81-466-47-5099 From gaou ＠ sfc.keio.ac.jp Fri Jun 8 06:49:56 2007 From: gaou ＠ sfc.keio.ac.jp (Kazuharu Arakawa) Date: Fri, 8 Jun 2007 06:49:56 +0900 Subject: [Glang-users] v.1.6.9 Message-ID: <5F50FEC9-D0D0-493E-BA36-519C45A6C8D2@sfc.keio.ac.jp> g. １日１リリースのペース継続中。どんどんいきますよ：） v.1.6.9リリースしました。v.1の時にはRを使う、ということで パッケージに意図的にいれていませんでしたが、やはりあると 断然便利なので、統計解析の基礎的関数を実装しました。 corとttestはRライクな使い方ができ、相関係数はオプションで spearman, pearson, kendallのアルゴリズムが使えます。 ttestはStudent's t-test限定（いずれWelchも欲しいっすね、、、） ですが、pairedとindependentが使えます。だいぶ便利に なったんじゃないかと思います。それぞれ詳細なドキュメントが あるので、使い方に困ったらhelpコマンドで確認してください。 統計関連でもそうじゃなくて、Featureリクエストは是非 お寄せください。sourceforgeのサイトで登録してもらうのが 一番いいと思います。 http://sourceforge.jp/projects/glang/ 1.6.9 2007.06.07 -added G::Tools::Statistics exported methods are: mean sum variance standard_deviation min mindex max maxdex median least_squares_fit cor ttest where cor include options for Spearman's, Pearson's, and Kendall's methods, and ttest supports both independent and paired Student's t-test. From gaou ＠ sfc.keio.ac.jp Mon Jun 11 21:11:13 2007 From: gaou ＠ sfc.keio.ac.jp (Kazuharu Arakawa) Date: Mon, 11 Jun 2007 21:11:13 +0900 Subject: [Glang-users] =?iso-2022-jp?b?MS42LjEwGyRCJWolaiE8JTkhShsoQk1h?= =?iso-2022-jp?b?Y09TIFgbJEIlUCUkJUolak0tJGohSxsoQg==?= Message-ID: g. v.1.6.10リリースしました。 1.6.9のShell周りのバグフィックスがメインです。 また、MacOS X (10.4 Tiger, Intel版)用バイナリインストーラも 作成しました。以下からダウンロードできます。 http://www.g-language.org/data/G-languageGAE-1.6.10-MacOSX-Tiger-Intel.dmg 旧バージョン（1.6.2）がすでに入っている場合、 /Applications/G-language Interpreter.app /usr/local/* をあらかじめ削除してください。 X11がインストールされている必要があります。 /Applications/G-languageShell.app ではなく、ターミナルなどで使いたい場合、 export PATH="/usr/local/g-language/bin:$PATH" として環境変数を設定してください。~/.profileなどに登録しておくと 便利です。 動作確認結果をglang-devel ＠ lists.sourceforge.jpに報告していただけると 助かります。動いた場合も動かない場合も、機種とOSのバージョンを 明記し、動かない場合はどういう不具合があるかを報告してください。 よろしくお願いいたします。 Kazuharu Arakawa, Ph.D. Institute for Advanced Biosciences, Keio University 252-8520 Japan Tel/Fax: +81-466-47-5099 From gaou ＠ sfc.keio.ac.jp Tue Jun 12 11:38:31 2007 From: gaou ＠ sfc.keio.ac.jp (Kazuharu Arakawa) Date: Tue, 12 Jun 2007 11:38:31 +0900 Subject: [Glang-users] Bio::ECell 0.02 Message-ID: g. MacOS X版に対応したBio::ECellをリリースしました。 http://search.cpan.org/~gaou/Bio-ECell-0.02/ #このMLでBio::ECellに関しても案内投げる予定です。 #Gじゃないから適切じゃない、という方がいらっしゃいましたら、 #是非新MLをsourceforgeあたりに作成してください、よろ しく #お願いします。 Kazuharu Arakawa, Ph.D. Institute for Advanced Biosciences, Keio University 252-8520 Japan Tel/Fax: +81-466-47-5099 From gaou ＠ sfc.keio.ac.jp Tue Jun 12 12:29:45 2007 From: gaou ＠ sfc.keio.ac.jp (Kazuharu Arakawa) Date: Tue, 12 Jun 2007 12:29:45 +0900 Subject: [Glang-users] =?iso-2022-jp?b?GyRCSHM4XzQ5JEpKUTk5GyhC?= Message-ID: g. Gは上方互換を完全に保つことを基本ポリシーとしていましたが、 特にodysseyに関してはユーザがほとんどいないことから、せっ かく なので誰も使っていなそうな部分に関しては思い切って変更しようと 思います。 以下の非互換な変更を近いうちに行う予定ですので、異論がありましたら 一週間以内にご連絡ください。 廃止予定のモジュール： 　G::SystemsBiology::Serizawa　E-Cell1のインタフェース 　G::SystemsBiology::EcellReader　E-Cell1のモデル データ読み込み 　G::SystemsBiology::Pathway　E-Cell1のモデルデバッ グインタフェース 　＃以上はBio::ECellに動かしてもいいんですけど、誰ももはや １は使って 　＃いないだろうし、あまりたいしたことができないので削除したいで す。 　＃移植してくれる人がいましたら大歓迎です。 　G::Tools::PBS　PBS（分散処理）のインタフェース 　＃誰も使ってないでしょう。 インタフェース変更予定のモジュール： 　G::Tools::KEGG_API3　G::Tools::KEGG_APIに統合 　G::Tools::RCluster　R言語のクラスタリング関係への インタフェース 　#Rclusterからnewするのが気に入らないので、 Rcmdにこのクラスを 　#継承させようかと考えています。 　　　　　　　　 Kazuharu Arakawa, Ph.D. Institute for Advanced Biosciences, Keio University 252-8520 Japan Tel/Fax: +81-466-47-5099 From gaou ＠ sfc.keio.ac.jp Wed Jun 13 13:42:18 2007 From: gaou ＠ sfc.keio.ac.jp (Kazuharu Arakawa) Date: Wed, 13 Jun 2007 13:42:18 +0900 Subject: [Glang-users] v.1.6.11 Message-ID: <4BA60A5B-D25C-47C8-BDF6-D99D65D5BF9E@sfc.keio.ac.jp> g. v.1.6.11リリースしました。 主な変更点は 1. Shellでp, puts, sayが使えるようになりました。p とputsはRubyと 　同じように、sayはPerl6と同じように使えます。 2. help -gで検索したときに一行サマリも合わせて表示するようにしました。 3. Rcmdインスタンス経由で、K-means法、階層型クラスタリング、SOMに 　よるクラスタリングができるようになりました。 4. Rcmdインスタンス経由で、Anderson-Darling, Kolmogorov-Smirnov Lilliefors, Shapiro-Wilk法による正規分布への適合度検定が行える 　ようになりました。 Changelog: 1.6.11 2007.06.12 -added documentation to G::Seq::Primitive -added shuffleseq method -made the "did you mean?" prediction of "help" smarter. -help -s now showing abstract of the searched methods updated documentations to match this. -added Ruby-style "p" for G-language Shell which prints the formatted data structures. "puts" also works in Ruby-style, and Perl6 "say" is a nice replacement of print, which prints lists separated by comma and also ending with a newline. -added Rcmd::Clutering $rcmd->kmeans(), $rcmd->som(), $rcmd->hclust() added. see help document for details. -added Rcmd::Normality. $rcmd->normtest performs test of normality using Anderson-Darling, Kolmogorov-Smirnov Lilliefors, or Shapiro-Wilk method. -modified Rcmd to have $rcmd->set_mode() for temporary usage. Rcmd now inherits Rcmd::Clustering and Rcmd::Normality Kazuharu Arakawa, Ph.D. Institute for Advanced Biosciences, Keio University 252-8520 Japan Tel/Fax: +81-466-47-5099 From gaou ＠ sfc.keio.ac.jp Mon Jun 25 00:02:32 2007 From: gaou ＠ sfc.keio.ac.jp (Kazuharu Arakawa) Date: Mon, 25 Jun 2007 00:02:32 +0900 Subject: [Glang-users] =?iso-2022-jp?b?MS42LjEyGyRCJWolaiE8JTkbKEI=?= Message-ID: <4C8217A8-AA5C-4678-99AA-885B46FD9769@sfc.keio.ac.jp> g. 1.6.12リリースしました。 変更は以下の通りです。 1.6.12 2007.06.23 -added clear_cache command to G-language Shell -Math::FFT is now required. -removed the following deprecated modules G::SystemsBiology::Serizawa G::SystemsBiology::EcellReader G::SystemsBiology::Pathway G::Tools::RCluster (this is moved to Rcmd::Clustering -fixed line length bug in Rcmd.pm -added G::Tools::GMap for generating Google Map View -moved all methods related to GenomeMap to G::Seq::GenomeMap class -added genome_map3 Kazuharu Arakawa, Ph.D. Institute for Advanced Biosciences, Keio University 252-8520 Japan Tel/Fax: +81-466-47-5099